Programima Unije najčešće se upravlja se centralizirano - za svaki od pojedinih programa nadležna je određena Opća uprava (DG - Directorate General) Europske komisije. Za pojedine programe, Opće uprave provedbu programa povjeravaju specijaliziranim Izvršnim agencijama Europske komisije. U rijetkim slučajevima dolazi do decentraliziranog upravljanja programom, kada se provedbena struktura prenosi na nacionalno tijelo u zemlji provedbe programa.

Sudjelovanje u Programima Unije predviđa uspostavljanje kontakt točke za program u zemlji sudionici s ciljem pružanja informacija o programu, podrške prijaviteljima i unapređenja sudjelovanja zemlje u pojedinom programu.

Više detalja o Programima Unije nalzi se u priloženom dokumentu.